Σύμφωνα με τον Παυσανία το πρώτο όνομα της πόλης ήταν Πήδασος. Ο Όμηρος την αναφέρει σαν μία από τις επτά πόλεις που είχε τάξει ο Αγαμέμνονας στον Αχιλλέα κατά τη διάρκεια του Τρωικού Πολέμου.
Στα τέλη του 8ου π.Χ. αι. καταλήφθηκε από τους Σπαρτιάτες. Αν και το μεγαλύτερο μέρος της Μεσσηνίας απελευθερώθηκε το 370 π.Χ., η Μεθώνη εξακολούθησε να παραμένει υπό Σπαρτιατική κυριαρχία μέχρι το 338 π.Χ. οπότε και απελευθερώθηκε. Ο Παυσανίας αναφέρει πως η πόλη λεγόταν και Μοθώνη. Η πόλη άκμασε την εποχή της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας .
Οι Βενετοί απέκτησαν βλέψεις για το λιμάνι της Μεθώνης καθώς βρισκόταν σε θέση στρατηγικής σημασίας για τα εμπορικά τους συμφέροντα. Μετά την πρώτη κατάλυση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, το 1204 οι Βενετοί διεκδίκησαν τα λιμάνια της Μεθώνης και της Κορώνης για λογαριασμό τους. Η κυριαρχία τους στις δύο πόλεις της Μεσσηνίας επικυρώθηκε το 1209. Οι Βενετοί οχύρωσαν την Μεθώνη και την μετέτρεψαν σε σημαντικό εμπορικό κέντρο. Η περιοχή γνώρισε σημαντική ευημερία και αποτέλεσε σημαντικό ενδιάμεσο σταθμό μεταξύ Βενετίας και Αγίων Τόπων.
Η πόλη όπως και ολόκληρη η Πελοπόννησος παρέμεινε στην κατοχή των Βενετών μέχρι το 1715, οπότε οι Οθωμανοί ανέκτησαν την περιοχή. Κατά την διάρκεια της επανάστασης του 1821 η πόλη πολιορκήθηκε από τους επαναστάτες οι οποίοι δεν κατάφεραν να την καταλάβουν λόγω της σθεναρής αντίστασης του οχυρωμένου οθωμανικού πληθυσμού.