Ο Απόλλωνας ήταν ο προστάτης θεός της Καλύμνου, ενώ το Ιερό του υπήρξε το πολιτικό και θρησκευτικό κέντρο της, καθ' όλη την αρχαιότητα, από τις αρχές της 1ης π. Χ. χιλιετίας έως και τους πρώτους χριστιανικούς αιώνες. Τον 6ο π. Χ. αιώνα η Κάλυμνος κόβει αργυρά νομίσματα, στα οποία εικονίζεται κεφάλι γενειοφόρου κρανοφόρου πολεμιστή στον εμπροσθότυπο και η λύρα του θεού Απόλλωνα στον οπισθότυπο. Κατά τη διάρκεια των Περσικών Πολέμων (αρχές 5ου π. Χ. αιώνα) το νησί τελεί υπό την κατοχή των Περσών και της βασίλισσας Αρτεμισίας της πρεσβύτερης, έως ότου απελευθερώνεται με τη βοήθεια του αθηναϊκού στόλου.
Κατόπιν προσχωρεί στην Α' και αργότερα (αρχές 4ου αι.) στη Β' Αθηναϊκή Συμμαχία. Στη συνέχεια περνά στην κατοχή του Μαυσώλου και των Περσών, από τους οποίους απελευθερώνεται από το στόλο του Μεγάλου Αλεξάνδρου. Κατά τον 3ο π. Χ. αιώνα η Κάλυμνος ξανακόβει αργυρά και χάλκινα νομίσματα, τα οποία φέρουν στον εμπροσθότυπο κεφάλι αγένειου κρανοφόρου πολεμιστή και στον οπισθότυπο κιθάρα. Κατά τους ελληνιστικούς χρόνους το νησί συχνά εμπλέκεται στους εξοντωτικούς αγώνες ανάμεσα στους διαδόχους του Αλεξάνδρου, λόγω της γεωγραφικής θέσης του.
Την εποχή αυτή μάλιστα οικοδομούνται σε διάφορα σημεία της Καλύμνου οχυρά και φυλακεία, για την προστασία των κατοίκων, λόγω των ασταθών κοινωνικοπολιτικών συνθηκών της εποχής. Στα τέλη του 3ου π. χ. αιώνα η Κάλυμνος και η γειτονική νήσος Κως συνενώνονται υπό το κοινό πολιτειακό καθεστώς της Ομοπολιτείας. Κατά την περίοδο της ρωμαιοκρατίας η Κάλυμνος ανήκει στην Επαρχία των Νήσων.
Ο Χριστιανισμός διαδίδεται ενωρίς στο νησί, λόγω της γειτνίασής του με τις μικρασιατικές ακτές. Κατά την Παλαιοχριστιανική Εποχή οικοδομούνται πολλές και μεγάλες χριστιανικές εκκλησίες, οι οποίες κοσμούνται με πολύχρωμα ψηφιδωτά. Ο φοβερός σεισμός του έτους 554 μ. Χ., πέρα από τις άλλες επακόλουθες καταστροφές, προκαλεί καταβύθιση της περιοχής ανάμεσα στην Κάλυμνο και την Τέλενδο, η οποία και διαμορφώνεται τελικά σε νησί. Οι επιδρομές των Αράβων, στα μέσα του 7ου αιώνα, ερημώνουν τους παραθαλάσσιους οικισμούς, αναγκάζοντας τους κατοίκους να καταφύγουν σε ορεινές περιοχές, τις οποίες και οχυρώνουν.
Είναι η εποχή, κατά την οποία δημιουργούνται οι οικισμοί του Αγίου Κωνσταντίνου και της Γαλατιανής. Κατά τους μεσοβυζαντινούς χρόνους πρωτοκατασκευάζεται το Κάστρο της Χώρας, προκειμένου να προστατευθούν οι κάτοικοι της Καλύμνου από πειρατικές επιδρομές. Οι βυζαντινοί ναοί του νησιού, αν και μικροί σε μέγεθος, ξεχωρίζουν για την υψηλή ποιότητα του τοιχογραφικού διακόσμου τους, έργο σημαντικών αγιογράφων. Στις αρχές του 14ου αιώνα η Κάλυμνος, μαζί με τα περισσότερα νησιά της Δωδεκανήσου, περνά στην κυριαρχία των Ιπποτών του Τάγματος του Αγίου Ιωάννη, οι οποίοι έχουν την έδρα τους στη Ρόδο.
Την εποχή αυτή μάλιστα οικοδομούνται σε διάφορα σημεία της Καλύμνου οχυρά και φυλακεία, για την προστασία των κατοίκων, λόγω των ασταθών κοινωνικοπολιτικών συνθηκών της εποχής. Στα τέλη του 3ου π. χ. αιώνα η Κάλυμνος και η γειτονική νήσος Κως συνενώνονται υπό το κοινό πολιτειακό καθεστώς της Ομοπολιτείας. Κατά την περίοδο της ρωμαιοκρατίας η Κάλυμνος ανήκει στην Επαρχία των Νήσων.
Ο Χριστιανισμός διαδίδεται ενωρίς στο νησί, λόγω της γειτνίασής του με τις μικρασιατικές ακτές. Κατά την Παλαιοχριστιανική Εποχή οικοδομούνται πολλές και μεγάλες χριστιανικές εκκλησίες, οι οποίες κοσμούνται με πολύχρωμα ψηφιδωτά. Ο φοβερός σεισμός του έτους 554 μ. Χ., πέρα από τις άλλες επακόλουθες καταστροφές, προκαλεί καταβύθιση της περιοχής ανάμεσα στην Κάλυμνο και την Τέλενδο, η οποία και διαμορφώνεται τελικά σε νησί. Οι επιδρομές των Αράβων, στα μέσα του 7ου αιώνα, ερημώνουν τους παραθαλάσσιους οικισμούς, αναγκάζοντας τους κατοίκους να καταφύγουν σε ορεινές περιοχές, τις οποίες και οχυρώνουν.
Είναι η εποχή, κατά την οποία δημιουργούνται οι οικισμοί του Αγίου Κωνσταντίνου και της Γαλατιανής. Κατά τους μεσοβυζαντινούς χρόνους πρωτοκατασκευάζεται το Κάστρο της Χώρας, προκειμένου να προστατευθούν οι κάτοικοι της Καλύμνου από πειρατικές επιδρομές. Οι βυζαντινοί ναοί του νησιού, αν και μικροί σε μέγεθος, ξεχωρίζουν για την υψηλή ποιότητα του τοιχογραφικού διακόσμου τους, έργο σημαντικών αγιογράφων. Στις αρχές του 14ου αιώνα η Κάλυμνος, μαζί με τα περισσότερα νησιά της Δωδεκανήσου, περνά στην κυριαρχία των Ιπποτών του Τάγματος του Αγίου Ιωάννη, οι οποίοι έχουν την έδρα τους στη Ρόδο.
Στην Κάλυμνο υπάρχουν πολλά και αξιόλογα σπήλαια που αξίζει να τα επισκεφθεί κανείς
Το σπήλαιο Κεφάλα.
Το σπήλαιο των Σκαλιών.
Το σπήλαιο των Επτά Παρθένων ονομάζεται και σπήλαιο των Νυμφών ή του Φλασκά.
Το σπήλαιο Δασκαλειό.
Η Κάλυμνος περιβάλλεται από ένα μεγάλο αριθμό μικρών νησίδων από τις οποίες σημαντικότερες είναι τα ακατοίκητα Γλαρονήσια, ο Καλαβρός, η κατοικήσιμη Τέλενδος, οι νησίδες Νερά, ο Άγιος Νικόλαος και ο Άγιος Ανδρέας, η κατοικήσιμη Πλάτη,τα Ιμια, η κατοικήσιμη Ψέριμος, η μεγαλύτερη όλων, και τέλος ΒΑ. η Πίττα και η Καλόλιμνος.